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由于箱涵属于暗沟且十多年未清理，在清淤装袋和搅动污泥时可能会将产生大量有毒有害气体，加之工期又紧，为了确保安全，采取以下保护措施：
1、下沟工作必须楼梯上下，下沟操作人员必须戴口罩、戴手套、穿水裤，配备氧气袋。
2、除机械操作外其他下箱涵作业人员工作1小时后必须上地面休息15分钟以上再下箱涵内施工作业。
3、安排专人负责安全监督和警戒，避免发生一切安全生产事故。监督人与水库必须与水库管理人员密切联系，清淤期间不得开闸放水。配备对讲机一套，方便箱内施工人员和监督警戒进行即时沟通。
4、为了确保作业人员安全，辟免意外发生，配备20个氧气袋。
5、箱涵淤泥是多年沉积的，经过工具的搅动可能会产生大量的有毒有害气体，配备一套送风设备把新鲜的空气送至工作地点。为防止风管被杂物挤压破坏影响使用功能，需要用大于风管直径的PVC管把风管套住，在套管接头部位用钢筋焊成架子把套管架空。